สิ่งที่จำเป็นอีกอย่างหนึ่งคือ ถังฟักไข่ อาจใช้ถังกลมขนาด 200 ลิตร หรือถังสี่เหลี่ยม เพราะมีพื้นที่ผิวมาก แต่ถ้าเป็นบ่อเพาะฟักปูม้าที่มีการลงทุนระยะยาวควรใช้บ่อซีเมนต์จะมีความคุ้มทุนมากกว่า อาจใช้บ่อเหลี่ยมหรือบ่อกลมขนาด 2 - 7 ตัน ก็สามารถลดค่าใช้จ่ายได้ แต่ถ้าใช้ไฟเบอร์ก็จะมีค่าใช้จ่ายที่สูงขึ้น
นอกจากบ่อพักน้ำแล้ว บ่อเก็บน้ำก็มีความจำเป็นต้องมีการฆ่าเชื้อในน้ำด้วยคลอรีนก่อนที่จะนำมาใช้ในโรงเพาะฟัก เพราะน้ำแต่ละแหล่งมีคุณภาพไม่เท่ากัน บางที่น้ำอาจไม่มีความเหมาะสมในการนำไปใช้
ในส่วนของการเตรียมพ่อ - แม่พันธุ์ ปัจจุบันประสบปัญหาอยู่บ้าง เนื่องจากมีกฎหมายห้ามจับปูม้าในเดือนตุลาคมถึงเดือนธันวาคม ฟาร์มเอกชนไม่สามารถจับพ่อ - แม่พันธุ์จากธรรมชาติได้ ดังนั้น จึงมีการศึกษาการเลี้ยงพ่อ - แม่พันธุ์ในบ่อดินพบว่า แม่พันธุ์ปูม้าที่เลี้ยงไว้ 6 - 8 เดือน จะสามารถให้ไข่ได้ประมาณ 500,000 ฟอง แล้วจึงนำไข่ไปเพาะฟัก คุณภาพของไข่ที่ได้มีคุณภาพใกล้เคียงกับปูม้าที่จับจากธรรมชาติ ดังนั้น ถ้ามีการเลี้ยงพ่อ - แม่พันธุ์ปูม้าในบ่อดินได้ ก็สามารถเพาะลูกพันธุ์ปูม้าได้ตลอดทั้งปี
ลูกปูม้าที่เกษตรกรผลิตเพื่อจำหน่ายที่เข้าไปอยู่ในโรงเพาะฟักจะมี 2 ระยะ คือ ระยะ megalopa (อายุ 9 - 10 วัน) ระยะนี้เกษตรกรบางรายจะเตรียมบ่อดินและสามารถนำไปปล่อยในบ่อดินได้เลย อีกระยะหนึ่งคือ ระยะลูกปู (crab) อายุ15 วันขึ้นไป (ตั้งแต่ระยะ first crab ไปจนถึงระยะ young crab) ซึ่งขึ้นอยู่กับว่าเกษตรกรต้องการระยะไหน ต้องผลิตให้ทันและตรงกับความต้องการของเกษตรกร
ในขั้นตอนการอนุบาลลูกปูม้า อันดับแรกที่ต้องคำนึงถึงคือ การเตรียมอาหาร อาหารที่ใช้คือ แพลงค์ตอนพืชและแพลงค์ตอนสัตว์ แพลงค์ตอนพืชที่ใช้ในปัจจุบันมี 2 ชนิดคือ คลอเรลลาและคีโตเซอรอส ซึ่งคีโตเซอรอสจะให้ลูกปูกิน ส่วนคลอเรลลาจะสำหรับการเพาะเลี้ยง แพลงค์ตอนสัตว์ เช่น โรติเฟอร์ไรน้ำกร่อย ไรแดง และอาร์ทีเมีย เพื่อใช้ในระหว่างขั้นตอนการอนุบาล ถ้าเป็นฟาร์มที่มีความพร้อม ควรเตรียมแพลงค์ตอนพวกนี้ไว้ก่อน เพราะยังไม่มีอาหารสำเร็จรูปสำหรับลูกปู
ขั้นตอนการเพาะพันธุ์ปูม้า เริ่มจากการนำปูม้าไข่แก่นอกกระดองสีเขียวอมดำจากทะเลหรือจากบ่อเลี้ยงมาฟักในถังขนาด 200 - 500 ลิตร แม่ปูม้าจะให้ไข่เฉลี่ย 713,000 ฟอง และวางไข่ได้สูงสุดถึงกว่า 2 ล้านฟอง ปริมาณไข่ขึ้นอยู่กับขนาดแม่ปูและความสมบูรณ์ของปู เมื่อปูม้าวางไข่หมดแล้วแยกแม่ปูม้าไปเลี้ยงต่อในบ่อดิน ปูม้าจะสร้างไข่ชุดใหม่ในเวลา 2 - 3 สัปดาห์ หลังจากไข่ปูม้าเข้าสู่ระยะโซเอี้ย(zoea) จะย้ายลูกปูระยะ zoea ไปอนุบาลต่อในบ่อซีเมนต์ ขนาด 2 - 7 ตัน ในอัตราความหนาแน่น 40,000 - 70,000 ตัว/ตัน โดยใช้โรติเฟอร์ คีโตเซอรอส และคลอเรลลา เป็นอาหารจนลูกปูเข้าสู่ระยะ zoea วันที่ 8 จะเริ่มให้อาร์ทีเมียหรือไรน้ำกร่อยเพิ่มเติม ลูกปูจะอยู่ในระยะ zoea 9 - 12 วัน จึงเปลี่ยนรูปร่างโดยการลอกคราบ เข้าสู่ระยะเมกาโลปา (megalopa) ซึ่งเริ่มมีก้ามสำหรับจับอาหาร และมีอัตราการกินกันเองสูง จึงต้องมีการย้ายลูกปูเพื่อลดอัตราความหนาแน่น โดยย้ายลงอนุบาลในอัตรา 10,000 - 15,000 ตัว/ตัน ระยะนี้จะใช้อาร์ทีเมีย ไรน้ำกร่อย ไรแดง ปลาบด คีโตเซอรอส เป็นอาหาร ลูกปูจะอยู่ในระยะนี้ประมาณ 5 - 7 วัน จะลอกคราบเปลี่ยนรูปร่างสู่ระยะ first crab ซึ่งจะมีรูปร่างเหมือนปูม้า ระยะนี้ลูกปูจะลงเกาะพื้นเก็บกินอาหารตามพื้นจึงให้อาหารพวกไรแดงและเนื้อบด ลูกปูในระยะนี้มีการกินกันเองสูง จึงใส่วัาดุหลบซ่อนสำหรับลูกปู โดยใช้ตาข่ายพรางแสง(ซาแลน) ตัดเป็นชิ้นยาวๆ คล้ายสาหร่ายเทียมวางบริเวณกลางน้ำจนถึงพื้นให้ลูกปูใช้เกาะหลบซ่อน อนุบาลลูกปูในระยะ first crab ต่อไป 10 - 15 วัน จะได้ลูกปูขนาด 0.8 - 1.2 เซนติเมตร ซึ่งสามารถนำไปเลี้ยงได้ดี
ปัญหาสำหรับการอนุบาลลูกปูในโรงเพาะฟักคือ การกินกันเองลูกปูในระยะ megalopa และระยะ first crab ดังนั้นการนำลูกปูระยะ megalopa ซึ่งเป็นระยะที่เริ่มกินปลาบดได้ลงเลี้ยงในบ่อดิน โดยลดอัตราความหนาแน่นเหลือ 100 - 200 ตัว/ตารางเมตร จะช่วยให้อัตราการรอดตายของลูกปูม้าสูงขึ้น ซึ่งการอนุบาลปูม้าในบ่อดินทำได้โดย เตรียมบ่อดินขนาด 400 ตารางเมตร ปูพื้นบย่อด้วยอวนตาละเอียดสำหรับจับปู เตรียมน้ำในบ่อให้มีความสมบูรณ์ของแพลงค์ตอน ระดับน้ำสูง 1 - 1.2 เมตร ปล่อยลูกปูม้าระยะ megalopa ในอัตรา 40,000 - 80,000 ตัว/บ่อ เลี้ยงปูโดยใช้ปลาสดบดละเอียดให้อาหารวันละ 3 ครั้ง อนุบาลปูม้าเป็นระยะเวลา 15 - 20 วัน จะได้ลูกปูม้าขนาดความกว้าง 1.2 - 1.5 เซนติเมตร มีอัตราการรอดตาย 40 - 60 % ลูกปูจากบ่อดินมีความแข้งแรงสูงสามารถนำไปเลี้ยงในบ่อดินได้ดี
